Estos dos Acuerdos tienen ámbitos de aplicación diferentes.
El Acuerdo MSF abarca toda medida que tenga por finalidad:
- proteger la salud de las personas o de los animales de los riesgos que comporten los productos alimenticios;
- proteger la salud de las personas de enfermedades propagadas por animales o por vegetales;
- proteger la salud de los animales o preservar los vegetales de plagas o enfermedades;
- proteger el territorio de un país de los daños causados por las plagas; independientemente de que esa medida revista o no la forma de una prescripción técnica.
El Acuerdo OTC (Obstáculos Técnicos a Comercio) abarca todos los reglamentos técnicos, las normas de aplicación voluntaria y los procedimientos para garantizar su cumplimiento, excepto si se determina que se trata de medidas sanitarias o fitosanitarias conforme al Acuerdo MSF.
Pueden existir OTC en las medidas adoptadas para cualquier producto, desde los sistemas de seguridad de los vehículos automóviles y los dispositivos para ahorrar energía hasta la forma de los embalajes para alimentos.
La mayoría de las medidas de control de enfermedades humanas se rigen por el Acuerdo OTC, salvo que se trate de enfermedades propagadas por los vegetales o por los animales (como la rabia o la EEB).
En el caso de los alimentos, por regla general no se consideran medidas sanitarias o fitosanitarias la mayoría de las prescripciones de etiquetado, la información sobre nutrición ni los reglamentos sobre calidad y envasado, las cuales se rigen normalmente por el Acuerdo OTC.
Los reglamentos que se refieren a la contaminación microbiológica de los alimentos, establecen niveles autorizados de residuos de plaguicidas o medicamentos veterinarios o determinan los aditivos alimentarios autorizados quedan sujetos al Acuerdo MSF. Algunas prescripciones en materia de envasado y etiquetado, cuando están directamente relacionadas con la inocuidad de los alimentos, también están sujetas al Acuerdo MSF.
En los dos Acuerdos hay algunos elementos comunes: obligaciones fundamentales de no discriminación, la obligación de que los gobiernos notifiquen con antelación las medidas que están en proyecto y la obligación de que los gobiernos establezcan puntos de contacto para efectuar oportunamente la notificación de sus medidas.
En el marco del Acuerdo OTC los gobiernos pueden establecer normas propias basándose en otras justificaciones, como motivos tecnológicos fundamentales o factores geográficos.
Por su parte las medidas sanitarias y fitosanitarias sólo pueden aplicarse cuando sean necesarias para proteger la salud de las personas y la sanidad animal o vegetal, fundamentadas en información científica.