El funcionamiento de la OMC se organiza a través de una estructura jerárquica encabezada por:
 

  • La Conferencia Ministerial, su máxima autoridad, que se reúne cada dos años.
 
  • El Consejo General, encargado de administrar las actividades diarias. Actúa además como Órgano de Solución de Diferencias y Órgano de Examen de las Políticas Comerciales.
 
  • Consejos especializados: Comercio de Mercancías, Comercio de Servicios, Aspectos de los Derechos de Propiedad Intelectual relacionados con el Comercio (ADPIC).
 
  • Comités técnicos sobre agricultura, comercio y desarrollo, facilitación al comercio, barreras técnicas, medidas sanitarias y fitosanitarias, entre otros.
 
El trabajo diario incluye:
 
  • Implementar y supervisar los acuerdos
  • Revisar políticas comerciales de los miembros
  • Servir de foro de negociación
  • Administrar el mecanismo de solución de diferencias
  • Coordinar asistencia técnica y creación de capacidades para países en desarrollo